El día 29 de julio de 2016 se extingue la Unidad de Transparencia de Acceso a la Información Pública del Poder Ejecutivo (UTAIPPE), derivado de la entrada en vigor de la Ley General de Transparencia y Acceso a la Información Pública, publicada en el Diario Oficial de la Federación con fecha 04 de mayo del año 2015, y la nueva Ley de Transparencia y Acceso a la Información Pública para el Estado de Quintana Roo publicada en el Periódico Oficial del Estado de Quintana Roo con fecha 03 de mayo de 2016, razón por la cual es necesario reorientar las competencias de la actual unidad de vinculación del Poder Ejecutivo Estatal, motivo por el cual se modifica el organigrama, Reglamento interior y Manuales Administrativos, debido a que se agrega la Coordinación General de Transparencia y Acceso a la Información.
En este mismo sentido, se actualiza el Reglamento Interior, y se publica el 31 de marzo de 2015 para denominar al Órgano de Control como Secretaría de la Gestión Pública.
En agosto de 2015 se actualiza el Organigrama de la Secretaría de la Gestión Pública, incorporando a la unidad administrativa que dará seguimiento a la evaluación de Control Interno, denominándose Coordinación de Control Interno.
Se realizó un análisis sobre la denominación del Órgano de Control y se decidió cambiar a Secretaría de la Gestión Pública para estar en el mismo contexto con la Federación, derivado de esto se actualiza la Ley Orgánica de la Administración Pública Estatal el 9 de diciembre de 2014.
Se adecua la estructura orgánica de la Secretaría en el mes de abril, por lo que se publica el nuevo Reglamento Interior el 28 de abril de 2010.
Con fecha 13 de agosto de 2007, se publica las reformas a la Ley Orgánica de la Administración Pública Estatal, modificando parcialmente lo contenido al artículo 40, correspondiente a las atribuciones de la Secretaría de la Contraloría.
Adecuaciones a la Ley Orgánica de la Administración Pública Estatal y de las modificaciones a la estructura orgánica de la propia Secretaría, se publica el nuevo Reglamento Interior el 28 de septiembre de 2007.
Con motivo de la entrada en vigor de la Ley de Transparencia y Acceso a la Información Pública del Estado de Quintana Roo, el 14 de enero de 2005, se publica en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado, el Reglamento Interior de la Secretaría de la Contraloría.
El 15 de abril de 2003, se publica en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado, el Acuerdo por el cual se autoriza y da a conocer el nuevo logotipo y lema oficial de la Secretaría de la Contraloría, para modernizar y actualizar su imagen institucional. Así mismo, fortalecer las funciones primordiales encaminadas a la prevención y transparencia con la sociedad.
El 06 de noviembre de 2003, se publica en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado, el Reglamento Interior de la Secretaría de la Contraloría, debido a que ha sido indispensable modificar la integración de esta dependencia a efecto de atender de manera cabal las facultades que se le han encomendado.
El 15 de mayo de 2001, se publica en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado el Reglamento Interior de la Secretaría de la Contraloría, documento que fundamenta la estructura orgánica y sus atribuciones en materia de control, evaluación, supervisión y fiscalización de la gestión pública, así como, para promover la participación de la ciudadanía a través de la Contraloría Social, propiciando el apego a la normatividad vigente y la transparencia en el manejo de los recursos.
El 18 de septiembre de 2000, se publica en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado de Quintana Roo el decreto No. 45, por la cual se aprueba la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de Quintana Roo.
El 15 de junio de 1999, se publica en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado el decreto No. 8, mediante el cual se reforma el Artículo 15 fracción XI y 37 de la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de Quintana Roo, incorporando a la Secretaría de la Contraloría del Gobierno del Estado, como Dependencia de la Administración Pública del Estado.
El 13 de agosto de 1999, se publica en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado, el Reglamento Interior de la Secretaría de la Contraloría.
Con fecha 17 de marzo de 1995, desaparece la Contraloría de Gobierno, transfiriendo parte de sus funciones a la Contaduría Mayor de Hacienda del H. Congreso del Estado.
El 9 de noviembre de 1995, mediante Decreto Ejecutivo se crea la Unidad de Programas Coordinados Federación - Estado, para que funja como Órgano Interno de Control y se encargue del control y seguimiento de los programas convenidos con la Federación.
La Contraloría de Gobierno del Estado, se crea el 31 de diciembre de 1982; posteriormente, el 30 de noviembre de 1983, se modifica la Ley Orgánica del Poder Ejecutivo del Estado, para adicionar las funciones de Control y Evaluación.