La Secretaría de Desarrollo Social, nace el 15 de marzo de 2011, con la publicación del Decreto 438 de la Ley Orgánica de la Administración Pública pero sus antecedentes se remontan 1974, año en que Quintana Roo hizo la transición de Territorio de la Federación a Entidad Federativa o Estado.

El 18 de octubre de 1974, de conformidad con la Ley Orgánica de la Administración Pública, fue creada la Secretaría de Desarrollo Económico del Estado, cuyo principio fundamental era promover y fomentar el desarrollo económico de la entidad. En 1981, se adhiere a su estructura orgánica, la Coordinación General del Comité de Planeación para el Desarrollo del Estado y la operación del Convenio único de Coordinación.

En Abril de 1987, se le denominó Secretaría de Planeación, Conservando las funciones de la Planeación, programación, control y evaluación de los proyectos de desarrollo, separando así todos los aspectos de la promoción económica.

Una nueva modificación se realizó en Enero de 1989, denominándose Secretaría de Programación y Presupuesto. En Marzo de 1993 y con las mismas funciones se convierte en la Secretaría de Planeación y Programación.

En Marzo de 1995, se reestructura con el nombre de Secretaría de Desarrollo Social, incrementando a sus funciones habituales, las de Promoción y Vigilancia del Desarrollo Urbano. Con estos cambios efectuados, motivaron modificaciones a la estructura administrativa, a fin de dar un mejor servicio a la ciudadanía, permitiendo manejar los programas de Desarrollo en el marco del Plan Estatal de Desarrollo.

A partir del 8 de Septiembre de 2000, con las reformas a la Ley Orgánica de la Administración Pública, se cambia de nombre denominándose Secretaria de Planeación y Desarrollo Regional. Sus atribuciones fueron encaminadas para proyectar y coordinar las políticas del desarrollo a través de regular y coordinar el Sistema Estatal de Planeación y el Comité de Planeación para el Desarrollo del Estado. Y contaba en su estructura con dos subsecretarias; La de Planeación y la de Desarrollo Regional y a partir de mayo del 2007 con la publicación de la Ley para el Desarrollo Social del Estado se crea la Subsecretaría de Desarrollo Social.

Con la publicación del Decreto 438, en el Periódico Oficial del Estado de Quintana Roo, el 15 de Marzo de 2011, Que modifica a la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de Quintana Roo da origen a la SECRETARÍA DE DESARROLLO SOCIAL, con la finalidad de coadyuvar y fomentar las relaciones con los grupos políticos y sociales, así como conducir la adecuada atención política de la problemática de las comunidades indígenas y de los grupos marginados del Estado, en coordinación con las Dependencias y Entidades de la Administración Pública.